青龍宮座處台南縣佳里鎮係原西港鄉土(頭)庫庄之庄廟青龍宮也，奉祀主神保生大帝，為古時西港土庫庄、打鐵庄頭之信仰中心(時隸諸羅縣安定里)。按保生大帝乃上界紫微星投胎降世，於宋太宗趙匡義，太平興國四年，歲次巳卯年三月十五日辰時(西元九七九)誕生於福建省泉州府同安白礁，晚年結廬濟世羽化於青礁 ，大帝姓吳，名夲（音韜），字華基，號雲衷，俗稱大道公、吳真人、吳真君。

本宮所供奉之保生大帝金尊神像，係明永曆十五年，即清順治十八年(西元一六六一年)，民族英雄鄭成功率軍民渡海來台時，為祈祐護航渡海，軍民平安，其忠貞軍民洪文德奉命在福建青礁慈濟宮奉請之保生大帝神像金尊，入台江內海，初登陸於古稱馬蹄埔之陸嶼(約現七股鄉永吉村)暫時結廬奉祀，後經含西港水路航入於土庫庄(現西港東北角處)，康熙十二年癸丑歲(1673)建廟奉祀，草創署名-青龍宮。實乃追遠溯源其初享廟食之始地－青礁龍湫庵。

時因神靈顯赫，住地軍民均視為精神堡壘，祈安植福，沐其浩蕩神庥 ，初廟修葺多次，歷經九十一年春秋，於乾隆二十八年癸未歲重建。古時，含西港係當時大陸與台灣商旅船隻直駛入內地商埠土庫碼頭湖潭唯一水路，而湖潭係鯉魚穴所形成，湖潭內鯉魚成群，古稱鯉魚潭，故往返商旅船隻均停泊於此湖潭碼頭裝卸貨物。居民全盛含打鐵庄約二千餘戶，庄上草廍油車林立，盛極一時，鼎盛時亦分頂、下土庫。道光十一年辛卯歲(西元一八三一年) ，庄民協議以數千圓再次重建。然滄海桑田，歷經天災地變，地理環境隨日月而異，含西港河道日漸狹窄，庄上居民亦日漸他遷 。同治初年大地震，廟宇受損嚴重，同治九年當地資產家許胡，首倡發起重建，募得庄內居民三百餘圓重修改建。但在光緒九年，癸未歲一次大風暴 ，又肇致廟宇傾斜破損，當時庄眾已稀少，至清光緒三十一年土庫庄民僅存二、三十戶。

日治大正十五年(民國十五年)終至毀壞倒塌，時祭祀公業廟地管理者 許遍之子許鬧碖成立五人小組於每年大道公生土庫廟地依舊酬神演戲，後二大帝神尊隱於安定鄉管寮民家，老大帝軟身神像則暫祀西港慶安宮，直至土庫居民謝寬之子謝馬力於佳里八六九番地創臨時宮廟，始迎回舊時古廟之神尊，定廟號為『龍安宮』；後因顯赫，信徒日增，當地信眾居民乃倡議重建，並於民國七十年成立管理委員會，民國七十八年興工起造，翌年七十九年十一月十二日入火安座，重現巍峨大廟，奉大帝鸞示：恢復古早土庫廟號-『青龍宮』,為今日之規模。民國九十七年另於土庫舊廟地建立保生大帝紀念公園藉以緬懷先民來台開墾之艱辛與見證古時大道公創立之基業。