寶藏寺之創建，依碑文所載，原為供奉觀音佛祖之小寺，建於康熙十一年(西元1672年)。地處八卦山東麓，座西朝東，廟後為八卦山脈，面向貓羅溪與九九峰遙遙相對，視野遼闊氣勢非凡。

清初台灣中部有所謂之三巖二寺，所指即為芬園寶藏寺、鹿港龍山寺、花壇虎山巖、社頭清水岩、南投碧山巖，由此可知寶藏寺在台灣中部的寺廟宗教崇高地位。

據民間傳說乾隆五十七年(西元1793年)嘉慶太子微服出巡於台，曾遭土匪追殺而投寺掛單於此，並親筆御賜【寶山第一】之匾額一方，現懸掛於正殿，為鎮寺之寶。

本寺創建三百多年來，香火鼎盛，已為地方之信仰中心，結合宗教文化、社教及地方公益活動的推動不遺餘力，有感神明慈悲，十方善信財，基於善款善用之善念，本寺除積極擴充廟地及週邊建設外，每年更策劃舉辦各項活動，如元宵節提燈踩街猜燈謎、寒冬送暖、補助鄉內各級學校學童獎助學金。