本宮創建淵源，溯自明朝永曆十五年，亦即民前二五－年時，鄭成功收復台灣之時；巧遇福建漳、泉沿海居民陸續跟隨來台，因舟車跋涉、渡海行軍，眾皆奉聖母神像以鎮靜風濤旅途之險•相傳有一僧人從福建湄洲嶼奉 媽祖香火，東來，阿猴(即今屏東市)。初暫將神像供於官衙之中奉拜，冀能防匪禦寇。唯每至夜半，紅光閃爍，人皆異之。眾往探視，始悟 『天上聖母』顯靈，乃集講建宮恭奉。

清乾隆二年(西元1737年)開始鳩上修葺。迄至乾隆十一年(西元1746年)信眾漸增，原廟殿狹隘乃不敷使用，系由鄉紳鄭麟鼎先生發起諸善信捐輸，擴建木造宮宇於現址，原稱舊媽祖宮。

道光五年(公元一八二五年)再由信士郭先柱先生倡議改建。砌磚為牆，上覆紅瓦，宮貌更見規模。落成後，眾因崇仰 聖母『慈心濟世、鳳德化民』之懿旨，正式定名為;慈鳳宮』。宮址設於台灣府南路下淡水鳳山縣港西中里阿猴街。即今之屏東市崇禮里中山路卅九號。正殿座西向東、前憑大武、峰巒疊翠、背倚下淡水溪、靈泉湧現。環山帶水，鍾靈聖地。

民國八年，再由戴連宗先生、蘇雲英先生、林英良先生等信徒結合地方人士再行修繕，並推戴連宗先生任管理人。民國三十三年秋，日人據台，二次大戰方殷，盟方戰機於是年十月十六日上午，首次轟炸屏東市；街坊居民約二百餘人，倉皇逃離，避人宮內。未幾，彈如雨下，週遭瞬間夷為平地，宮內亦落彈數顆，幸未爆炸。居民感激涕零，齊聚『媽祖座前』叩謝救命之恩。民國三十四年，夏五月一日中午，盟機再次空襲並投燒夷彈數枚，周圍一片火海。本宮亦中二十四顆均無爆炸，宮貌巍然如故。自此信眾益增，咸感 媽祖聖德昭彰。

民國四十七年，本宮成立首屆管理委員會並由唐榮鐵工廠創辦人唐榮老先生任第一屆主任委員。餘委員、監事均係地方知名人士，至此，本宮乃奠立制度之濫觴。

 四十九年時另組修建委員舍，完成第一期前殿重修工程，五十二年由本市名醫李朝欽博士任第二屆主任委員，並完成第二期中殿及兩旁廟室工程。

民國七十二年十二月三日晨三時許，因宮內電線線路老舊走火，祝融光顧，前、後殿幾乎毀於一旦。唯獨聖母金尊完好無損。同年十二月十二日善信齊集，決議十二月十四日完成 聖母臨時安座大典，供大眾參拜；並自即日起開始為重建大工程，分頭奔走募款。

民國七十三年八月九日完成拆除工作。

民國七十四年元月二十四日亥時，舉行破土奠基大典。十方大德踴躍捐輸。重建工程並委由李招直先生、梁紹英先生二位建築、設計師設計及監造。

民國七十七年十一月一日全體建築完成，舉辦神聖開光點眼、安座儀式。

自遭祝融至廟宇重建期間幸賴十方善信感念 聖母恩德，樂意捐輸。亦賴前主委王 火老先生運籌帷握，華全食品曾文侃先生、台芳食品郭天財先生亦出力甚多，而有今日之規模。本宮現為三川三進之宮殿建築，火災之後歷時十多年，耗資新台幣兩億伍仟萬元。殿宇堂皇、重簾歇山、剪粘富麗堂皇。