本宮源於花蓮市荳蘭橋附近之化光堂，於歲次乙巳年（民國五十四年）春，奉主神地母至尊聖示「為渡化九六原靈，希望有一草茅道場」之感召，經堂主賴勝鋒、副堂主陳財、住持鄭錦坤及信徒何阿錦、張員妹、周祝鳳、王秀枝、孫偉瓏、龍光榮、黃樹連等聚資並出面向熱心人士余建都、施　崇、陳阿珍等及地方信眾勸募，再向地主趙英記先生洽購現有廟地；隨即委請謝彰才先生設計建造木造廟堂三間，在缺乏人力、物力之困境下，全體信徒胼手胝足努力不懈，於翌（丙午）年農曆十月十八日　地母至尊萬壽聖誕佳期舉行巡境、入廟安座慶典，慈聖宮（地母廟）正式建宮在花蓮市主權里現址。

花蓮慈聖宮奉祀主神為　無極虛空地母至尊，是一自然尊神，溯其當年降乩開示：「混沌未開吾當尊，三皇五帝任我分……」，可知其在宇宙神祇之尊貴地位。在信眾詢求解惑教化中，是超越天、地之自然尊神。建宮迄今，教化神跡無數，為信徒、信眾所體認。

丙辰年（民國六十五年）十月，邀請石得生先生之指導，蕭成玉先生繪圖，及陳招妹女士之支持，就原址以RC加強磚造改建，惟興建工程告一段落再度安座後，本宮最得力之管理人（副堂主）陳　財先生因病逝世，堂主賴勝鋒為公務員，受工作單位行文以公務員服務法之限制，而辭卸本宮堂主（負責人）職務。在籌建委員會主任委員孫偉瓏未能踏出執行職務下，本宮形成由住持鄭錦坤一人執掌，也因未建立章程規範，於其民國八十二年春逝世後，管理委員會重組期間發現諸多缺失。歲次癸酉年（民國八十二年）五月初一日，建宮賴堂主再度受命，即積極造訪信徒、信眾，徵詢意見，取得共識，於同年(國曆)十月二十五日召開信徒大會，確立章程、選舉管理、監察委員，成立管理委員會，由信徒趙桂慶當選第一屆管理委員會主任委員，花蓮慈聖宮自民國八十二年十一月一日起，由管理委員會管理執事。

自第一屆管理委員會執事以來，本宮運作依照章程規範步入正常，遵照　地母至尊懿旨將宮觀敞開，並加以整建，以新景象，積極配合從事淨化社會人心工作，歷經三年之努力，蒙　上天之肯定確定宮名為「東源花蓮慈聖宮」。歲次丙子年（民國八十五年）二月初十日子時，本宮建宮堂主賴勝鋒奉　上天玉旨受命升職本宮宮主，趙桂慶、謝水平同時授職為宮輔，翌（丁丑）年十月十一日午時，信徒曾騰賓授職為副宮主，本宮首事自是柢定。

民國八十六年四月管理委員會改選，宮輔謝水平當選第二屆管理委員會主任委員，在財源不繼之情況下，仍虛心規劃，奉獻心力，並承陳國貞師兄之協助，遵照　無極地母至尊聖示，積極從事宮觀內外及四週環境之建設，美化環境，建造幽美庭園造景及停車廣場等，便利十方香旅信眾之遊憩進出。本宮信徒、信眾在　地母至尊之慈悲包容與陳師兄之指導切磋下，各自體會大自然之道理，堅定修行心志，邁向　地母至尊「渡化九六原靈」之圓融目標。
 
嗣為考量遠道信眾住宿之方便，規劃興建香客大樓一棟，於辛巳年（民國九十年）九月二十六日完工啟用，因建造經費不足，經由主任委員謝水平出面向花蓮市第二信用合作社貸款新台幣壹仟貳佰餘萬元以挹注，迄今仍在分期還款中。